História Capoeiry je plná nejasností a dodnes nezodpovedaných otázok. Začína to hneď pri hľadaní odpovede na otázku, odkiaľ Capoeira vlastne pochádza. Aj keď nikto nepopiera, že Capoeira sa do svojej súčasnej podoby vyvinula v Brazílii, mnohí odborníci na túto problematiku umiestňujú rodisko Capoeiry na africký kontinent, a to hneď z viacerých dôvodov. Faktom je, že od prvého vylodenia sa Európanov v roku 1500 bolo do Brazílie násilne odvlečených 3,5 milióna pôvodných afrických obyvateľov. Viacero slov z terminológie Capoeiry je odvodených z reči afrických kmeňov a niektoré rituály, ako napr. ngolo kmeňa Mucope, možno považovať za akýchsi predchodcov tohto brazílskeho bojového umenia. Iným, i keď nepriamym dôkazom je skupina bojových umení veľmi podobných Capoeire, ktoré majú svoj domov v iných častiach „nového sveta“. Na Martiniku existuje šport menom l´agya , na Kube zase maní, oba zahrňujúce akrobaciu a predstieraný súboj za rytmu hudby. Na Trinidade je zase známy boj s palicami zvaný kalinda, neuveriteľne podobný brazílskemu maculele, tancu, ktorý sa učí každý capoeirista.
Prvá zmienka o capoeire ako športe resp. boji, je datovaná do roku 1770 a skladá sa z niekoľkých novinových článkov napísaných novinárom z Ria – Manuelom do Macedom. V nich portrétuje seržanta Amotinada, ktorý mal za úlohu ochraňovať Markíza de Lavradio. De Macedo označuje seržanta ako obávaného bojovníka, ktorý ovládal capoeiru, ale nepodáva žiadne bližšie informácie, ako sa k tomuto umeniu dostal.
Neskôr sa Capoeira začína čoraz častejšie spomínať v policajných archívoch Rio de Janeira. V roku 1809 bola založená Guarda Real de Polícia, kráľovská polícia, ktorá sa zaslúžila o to, že boli capoeiristi v Brazílii prenasledovaní a nebyť niektorých málo oblastí, kde Capoeira dokázala prežiť, bolo by toto umenie dnes len zmienkou v archívoch knižníc.
V období medzi 1809 až 1889 prebiehali zúrivé boje medzi políciou a capoeiristami v uliciach Ria de Janeira, Salvadoru a Recife. Karnevalové sprievody ich používali ako nárazníky, chrániac hudobníkov a tancujúcich pred masami ľudí. Keď sa podobné dve skupiny stretli počas osláv, podobné strety zväčša končili surovými bitkami. V jednom dokumentovanom prípade boli capoeiristi dokonca povolaní na pomoc mestu Rio de Janeiro proti cudzím žoldnierom. 9. júla 1828, sa jeden nemecký a jeden írsky batalión vzbúrili proti potrestaniu jednej z ich jednotiek Starosta mesta vyzval capoeiristov, aby situáciu vyriešili. Ako uvádzajú dobové kroniky, žoldnieri boli krátko nato zahnaní naspäť do kasární sprevádzaní prudkými kopmi, údermi rúk a hlavy. Tento príbeh ukazuje, že napriek tomu, že brazílska elita 19. storočia pozerala na capoeiristov ako na poslednú spodinu, existovala v tom čase aj určitá forma ambivalencie voči tejto skupine ľudí, založená na ich nepopierateľnej schopnosti bojovať. Brazílčania nemohli pociťovať nič iné ako hrdosť pri pohľade na umenie, akým boli títo muži schopní prekonať dokonca protivníkov ozbrojených strelnými zbraňami.
Po vyhlásení republiky v roku 1889 boli capoeiristi v niektorých prípadoch použití aj ako forma politického nátlaku počas volieb. Ich zlá povesť viedla k tomu, že o rok neskôr bol vydaný zákon, zakazujúci praktizovanie capoeiry, čoho výsledkom bolo ešte silnejšie perzekvovanie zo strany polície. Toto prenasledovanie malo za následok skoro úplné vyhladenie capoeiry z oblastí Ria a Recife už v prvých desaťročiach dvadsiateho storočia. Jedine v Bahii dokázala Capoeira prežiť, pravdepodobne kvôli nedostatočnej efektívnosti polície na vidieku a najmä kvôli silným koreňom, ktoré tu Capoeira zapustila.
Nedávny vývoj Capoeiry
V roku 1927 založil Mestre Bimba (Manoel dos Reis Machado) prvú formálnu akadémiu pre výučbu Capoeiry ako bojového umenia pod názvom Centro de Cultura Física e Capoeira Regional. I keď oficiálnu licenciu dostal až 1937, znamenala táto škola začiatok capoeiry ako športu. Bimbov príklad rýchlo nasledoval Mestre Pastinha a capoeira sa pomaly začala presúvať do štúdií a škôl, i keď bola stále prítomná v uliciach miest ako forma národného folklóru. V roku 1953 po zhliadnutí prezentácie akadémie Mestre Bimbu, vyhlásil vtedajší brazílsky prezident, Getulio Vargas, capoeiru za „jediný skutočný národný šport“. Zakladanie škôl spôsobilo aj zásadné zmeny v samotnom bojovom umení. Mestre Bimba vyvinul systém výučby Capoeiry a prístup k samotnej hre, ktorý bol výrazne odlišný od tradičných noriem. Bimbova capoeira sa začala nazývať "regional"("miestna", oblasť odkazovala na štát Bahia) a postupom času sa pojmom Capoeira Regional začal označovať jeden z hlavných štýlov a prístupov ku Capoeire. V protiklade k tejto inovačnej tendencii sa Mestre Pastinha snažil zachovať si tradičný prístup pre vyučovanie a praktizovanie Capoeiry, ponechajúc si starší pojem pre Capoeiru – Capoeira Angola. Asi najväčším prínosom Mestre Bimbu bol jeho špeciálny záujem o prilákanie študentov zo stredných a vyšších socio-ekonomických vrstiev spoločnosti. Snažil sa zmeniť všeobecne negatívnu predstavu, ktorú ľudia o capoeiristoch mali, hlboko poznačenú minulosťou. Táto zmena spôsobila, že sa časom vyšpecifikovali dva kompletne odlišné typy capoeiry: novší, inovatívnejší štýl Regional a starší, viac konzervatívnejší štýl Angola.
Poháňaní víziou nového moderného športu, začali Bimbovi študenti v päťdesiatych rokoch otvárať akadémie po celej Brazílii. Rio de Janeiro a následne Săo Paulo sa stali centrami pre rast tohto nového hnutia. V roku 1972 bola Capoeira oficiálne vyhlásená Brazílskym národným športom, čím sa začala aj éra organizovania miestnych a národných turnajov. V polovici 70-tych rokov bolo už veľa akadémií po celej Brazílii a prvý majstri začali učiť Capoeiru v Spojených štátoch amerických a Európe. Delenie medzi štýlom Regional a Angola bolo citeľné najmä v 40-tych až 70-tych rokoch 20.storočia. V súčasnosti sa vyvinul nový trend, ktorý sa pokúša zjednotiť obidve školy pod mottom: "Capoeira é uma só" ("Je len jedna Capoeira"). Spája sa prístup štýlu Angola, ktorý si viac uctieva staré tradície s otvorenosťou Regional vo voči inováciám a novým trendom.